《植物生理学报》 2010, 46(2): 195-170

植物逆转座子引物开发应用中的逆转座子序列分离方法

杜晓云^1,2, 张青林², 黄建民¹, 罗正荣^2,*

1 江西省农业科学院园艺研究所, 南昌 330200; 2 华中农业大学园艺植物学教育部重点实验室, 武汉 430070

通信作者：罗正荣；E-mail: luozhr@mail.hzau.edu.cn；Tel: 027-87282 677

摘　要：

文章介绍了作为植物逆转座子引物开发前提序列的逆转座子序列获得的几种方法: (1)通过同源克隆法获取逆转座子 的基因序列以设计逆转座子基因序列特异引物; (2)通过筛选文库、聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)、搜寻 核酸数据库、大片段重叠群测序分离全长逆转座子序列以开发逆转座子长末端重复(long terminal repeat, LTR)引物; 以及 利用(3)磁珠富集、(4)抑制 PCR 和(5) SiteFinding PCR 等方法直接获得逆转座子的 LTR 序列以开发逆转座子 LTR 引物。

关键词：逆转座子; 引物; 开发; 植物; 分子标记

收稿：2009-11-27   修定：2009-12-28

资助：国家自然科学基金(30871686)、华中农业大学科研启动基金(20070504011)和江西省农业科学院创新基金博士启动项目(2009 博-8 )。

Methods for Isolating Retrotransposon Sequences Utilized for Development of Retrotransposon Primers in Plant

DU Xiao-Yun^1,2, ZHANG Qing-Lin², HUANG Jian-Min¹, LUO Zheng-Rong^2,*

¹Institute of Horticultural Sciences, Jiangxi Academy of Agricultural Sciences, Nanchang 330200, China; ²Key Laboratory of Horticultural Plant Biology, Ministry of Education, Huazhong Agricultural University, Wuhan 430070, China

Corresponding author: LUO Zheng-Rong; E-mail: luozhr@mail.hzau.edu.cn; Tel: 027-87282 677

Abstract:

文章介绍了作为植物逆转座子引物开发前提序列的逆转座子序列获得的几种方法: (1)通过同源克隆法获取逆转座子 的基因序列以设计逆转座子基因序列特异引物; (2)通过筛选文库、聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)、搜寻 核酸数据库、大片段重叠群测序分离全长逆转座子序列以开发逆转座子长末端重复(long terminal repeat, LTR)引物; 以及 利用(3)磁珠富集、(4)抑制 PCR 和(5) SiteFinding PCR 等方法直接获得逆转座子的 LTR 序列以开发逆转座子 LTR 引物。

Key words: 逆转座子; 引物; 开发; 植物; 分子标记